Fue después de la revolución. Durante los años de 1926 a 1929; La guerra Cristera. Miles de civiles mexicanos combatiendo contra el ejército militar que movilizó Plutarco Elías Calles. Durante la época juarista con las Leyes de Reforma se buscaba que la Iglesia católica perdiera el gran poder que tenía. El desencuentro se agravó para 1926 al implementar el gobierno de Calles, los artículos de la Constitución de 1917 para controlar a la Iglesia.
El gobierno encabezado por Elías Calles decidiría cuantos sacerdotes debía tener cada templo, tendrían que formar parte de un censo y ser mexicanos por nacimiento. Los sacerdotes extranjeros fueron expulsados, la Iglesia no podía involucrarse en asuntos políticos y tenían prohibido abrir colegios, ya que, en el artículo tercero constitucional, se enfatizaba el carácter laico de la educación. El gobierno fomentó la creación de una Iglesia que nada tuviera que ver con el Vaticano.
La reacción del Vaticano a la Ley Calles fue de rechazo absoluto, las actividades religiosas fueron suspendidas en protesta a las medidas tomadas contra la Iglesia y la población se manifestó para intentar lograr que las medidas tomadas por el gobernante no se aplicaran, pero el gobierno no desistió. Estos argumentos impulsaron la llamada guerra Cristera. Las primeras acciones armadas importantes al inicio de la Cristiada tuvieron lugar en los estados de Jalisco, Nayarit, Zacatecas, Guanajuato y Michoacán.
El ejército cristero, muy a pesar de las limitantes, logró armar gente que al grito de ¡Viva Cristo Rey! iniciaron las hostilidades. La guerra armada inició. El número de mexicanas y mexicanos muertos fue mayúsculo, algunos historiadores hablan de 50,000, otros de más de 200,000 vidas perdidas.
El 21 de junio de 1929, ya finalizado el mandato de Plutarco Elías Calles, la Iglesia católica y el gobierno interino de Emilio Portes Gil, quien tomó el cargo presidencial a la muerte de Álvaro Obregón, víctima de un atentado, llegaron a acuerdos que finalmente pusieron fin al respaldo armado de la Iglesia a los cristeros.
El gobierno, sin modificar ningún párrafo de las leyes que controlaban a la Iglesia, permitió que éstas continuaran su labor espiritual sin tratar de intervenir en la vida política de México. Para el 27 de junio de 1929 los servicios religiosos en las iglesias se reanudaron. El saldo fue desfavorable para México. De hecho, la historia nacional muy de vez en vez recuerda estos lamentables tres años de la guerra cristera.
