En las efemérides del Estado de Hidalgo se menciona que en Agosto 21 de 1558, los pueblos de Tepeji y Utlaxpan concertan la construcción de un monasterio Franciscano en los términos de dichos pueblos. Esto nos da pauta para hablar de que de estos dos pueblos procede la construcción del monasterio o Convento de San Francisco de Asís en el ahora Tepeji del Río. Visitaban los franciscanos dos pueblos muy cercanos el uno del otro Tepexic y Utlaxpan, habitados por nahoas y otomíes, respectivamente, los franciscanos contaban incluso con una pequeña capilla en Tepexic pueblo cuyo nombre significa lugar del peñasco, sin embargo, en 1558 los habitantes de ambos sitios deseosos de contar cada cual con un convento de frailes en sus poblados concertaron que a costa de ambos pueblos se hiciera un monasterio y casa de religiosos de San Francisco entre los términos de dichos pueblos y se obligaron también con su bienes y personas a lo del presupuesto y a poblar ambos dichos pueblos cerca del monasterio, el nuevo asentamiento retuvo el nombre de Tepexic aunque se le añadió del Río por encontrarse en los márgenes del Rio Tula y para distinguirlo del original Tepexic. Posteriormente tuvo distintos nombres, San Francisco Tepexic, San Francisco de Río y Tepexic del Río. La unión definitiva de ambos pueblos fue concretada hasta finales del siglo XVIII tomando el nombre de Tepeji.
Antes, Fray Alonso Ponce en su Relación con fecha 27 de enero de 1585 nos dice que: “A cuatro leguas de Tullan, llegué a decir Misa al pueblo de Tepexic, que por otro nombre se llama San Francisco del Río, el pueblo es de mediana vecindad de indios otomíes y de estos mesmos (sic) son los demás pueblos de aquella guardianía, todos dependiendo del Arzobispado de México. El Convento es moderado, tiene buen edificio de cal y canto y está acabado con su iglesia, claustro, dormitorios y huerta, en la cual hay algunos nogales. Fray Alonso Ponce encontró completo el establecimiento en 1586 y califico al convento de «moderado» pero dentro del conjunto en realidad destacó el templo con los poderosos contrafuertes que «jalonan» sus cuatro esquinas y los costados de la nave.
La conocida Acta de Xilotepec, es un legajo compuesto por siete documentos relacionados con la fundación de la iglesia y el convento de San Francisco de Asís. Los seis primeros fueron signados entre 1558 y 1559 por el Virrey Luis de Velazco padre y por el escribano Antonio de Turcios.Un documento de 1606 fue decretado por el Virrey Juan Manuel de Mendoza y Luna para regular el uso de la acequia que daba servicio al convento. La separación étnica entre los pobladores debe haber subsistido aun después de las epidemias de 1574 pues no fue sino hasta 1627 en que se asentó en el libro de registro parroquial la primera partida bautismal en castellano y no por partida doble en lenguas otomíes y náhuatl. Así fue la unión de estos dos pueblos que dio origen al hoy Tepeji del Río.
